Antica abbazia sin dai primordi del Cristianesimo, fu sede sin dall'alto medioevo di importanti autorità ecclesiastiche che competevano e confinavano, per la vastità dei territori ad essa legate, con l'Abbazia Cistercense di Bobbio, fondata dall'irlandese San Colombano, ivi sepolto.

Oggetto successivamente di incursioni barbariche, fu abbandonata dagli abati e ceduta, con l'impegno della sua difesa, alla potente famiglia genovese dei Doria che la tenne sino al 1983 quando l'ultima discendente della famiglia la cedette al Fondo Ambiente Italiano.

Rimase nominalmente un feudo con diritto di extraterritorialità sino al 1917 quando, con regio decreto, fu annessa a tutti gli effetti al Regno d'Italia.

Ancora incontaminata per il suo splendido isolamento, San Fruttuoso è raggiungibile via mare in un'ora di veloce battello da Camogli oppure da San Rocco per via di terra in circa quattro ore attraverso un lungo ed impervio sentiero per escursionisti.

Oggi conta una quarantina di abitanti, dediti alla pesca ed al turismo.